La prospection magnétique est basée sur la mesure du champ magnétique terrestre et de ses variations locales causées par la présence d'objets géologiques (ou d'origine humaine). Ces variations dépendent de la susceptibilité magnétique de ces structures et du champ magnétique total.
La susceptibilité magnétique est une propriété des matériaux qui décrit les changements de magnétisation d'un objet sous l'influence d'un champ magnétique externe, créant un champ secondaire perturbateur. Les magnétomètres détectent tous les objets ayant une susceptibilité magnétique élevée. La discrimination entre des objets de différentes dimensions est basée sur l'analyse de l'amplitude et de la forme des anomalies magnétiques.
Les méthodes magnétiques sont fréquemment utilisées pour détecter les contaminants métalliques enfouis, les gisements métalliques et les découvertes archéologiques.